In einer Region, in der das Leben von langjährigen Konflikten geprägt ist, will HEKS einen Frieden fördern, der auf Gerechtigkeit und der Einhaltung der Menschenrechte basiert. Starke Einschränkungen der Rechte der Zivilbevölkerung sind eine Folge des Konflikts, verhindern aber gleichzeitig eine dauerhafte Friedenslösung. Sowohl innerhalb Israels wie im von Israel besetzten Westjordanland gibt es grosse Bevölkerungsgruppen, deren Zugang zu Land eingeschränkt ist oder die von Enteignungen und der Zerstörung ihrer Häuser bedroht sind. In Gaza ist die Lage nach mehreren Kriegen nach wie vor für einen Grossteil der Bevölkerung sehr schwierig, trotz Wiederaufbau fehlt es in weiten Gebieten an Wohnraum. HEKS und seine palästinensischen und israelischen Partnerorganisationen setzen mit ihrer Arbeit an den Ursachen für diese Diskriminierungen an, indem sie sich z.B. für ein gerechtes Planungssystem einsetzen und Alternativen erarbeiten, welche die Bedürfnisse aller Bevölkerungsgruppen berücksichtigen.
Besonders betroffen sind die über zwei Millionen Flüchtlinge und intern Vertriebenen, die heute in den besetzten palästinensischen Gebieten und in Israel leben, ebenso die rund drei Millionen Palästina-Flüchtlinge in den umliegenden Ländern. Die meisten von ihnen sind Nachkommen jener Flüchtlinge, die 1948 und 1967 ihre Dörfer verlassen mussten und bis heute auf eine dauerhafte Lösung des Konfliktes warten.
In den letzten Jahren hat zudem sowohl in Israel wie im besetzten Palästina der Druck auf zivilgesellschaftliche Organisationen und Menschenrechtsverteidigerinnen und -verteidiger zugenommen. HEKS und seine Partner setzen sich gegen die Einschränkung der Meinungs- und Versammlungsfreiheit ein und tragen mit Vernetzung, internationaler Begleitung und gezielter Informationsarbeit zum Schutz der betroffenen Zivilbevölkerung bei.