Die Direktion, ihre Stellvertretung sowie die Leitenden der Bereiche Inland, Globale Zusammenarbeit, Kommunikation & Mobilisierung und Services bilden die Geschäftsleitung von HEKS. Dieser obliegen alle mit der Geschäftsführung zusammenhängenden operativen Geschäfte, die nicht in den Kompetenzbereich des Stiftungsrats fallen.