HEKS gründet im Tessin ein Haus der Erholung und der Begegnung für Menschen unterschiedlichster Nationen und Religionen. Heinrich Hellstern, der erste HEKS-Zentralsekretär, schrieb: «Erschöpfte, Belastete, Mutlose, Verzweifelte kamen und erlebten nach Jahren zum ersten Mal Entspannung, Frieden, Freundschaft und kehrten gestärkt in ihren Dienst zurück. […] Hier sahen sie endlich keine Ruinen mehr. Neue, friedliche Eindrücke halfen ihnen, auch seelisch zu gesunden.»

Hilfe Schenken in seiner Ur-Form: Im Jahr 1955 schickt HEKS aus Sammlungsmitteln der Schweizer Europahilfe 50 Schweizer Ziegen nach Griechenland. Dort werden sie an Waisenheime und an arme Bauernfamilien gespendet.

Mit Kollekten der Landeskirchen startet HEKS sein erstes Projekt im Süden: eine Lehrwerkstätte für Werkzeugmacher in Südindien. Der Start ist harzig. Die kirchlichen Stellen in Südindien brauchen lange, bis sie akzeptieren können, dass auch nicht-christliche Lehrlinge aufgenommen werden solllen – für HEKS von Anfang an ein unabdingbarer Grundsatz. 1982 ist die «Nettur Technical Training Foundation» finanziell unabhängig und kann einer kompetenten indischen Leitung übergeben werden.

An den Ufern des Kongoflusses im Herzen Afrikas, so wird erzählt, hatten HEKS-Zentralsekretär Heinrich Hellstern und Hermann Witschi von der Basler Mission die Idee, einen grossen Wurf zu wagen: Eine nationale Kampagne mit dem Aufruf «Brot für Brüder». Im September 1961 erfolgen die ersten kantonalen Eröffnungsanlässe. Die Sammlung dauert drei Jahre und erbringt 16 Millionen Franken für Entwicklungshilfe-Projekte von HEKS und der evangelischen Mission.

HEKS stellt sich dezidiert auf die Seite der unterdrückten Bevölkerungsgruppen in Angola, Simbabwe oder Südafrika und unterstützt ihr Streben nach Gleichberechtigung. HEKS beteiligt sich am Anti-Rassismus-Programm des Ökumenischen Rates der Kirchen und erntet dafür viel Kritik. 1986 kündigt HEKS einseitig seine Beziehungen zur Schweizerischen Bankgesellschaft, weil diese das UNO-Embargo unterläuft. Die Position von HEKS führt zu empörten Reaktionen in der Schweizer Öffentlichkeit.

Zwischen 1979 und 1980 kommen rund 7000 Indochina-Flüchtlinge aus Vietnam und Kambodscha in die Schweiz. Ihre Betreuung und Integration in der Schweiz ist eine grosse Verantwortung für die Hilfswerke, auch für HEKS. Der Auftrag der «menschlichen Aufnahme» kann nur dank aktiver Mithilfe der Bevölkerung erfüllt werden: Es bilden sich über 700 Betreuungsgruppen bestehend aus hilfsbereiten Menschen, die die Flüchtlinge im Alltag begleiten und unterstützen.

Anhaltende Flüchtlings­zuwanderungen lassen den Flüchtlingsdienst von HEKS zur grössten Abteilung anwachsen. Anfang der 1980er Jahre entstehen die HEKS-Regionalstellen. Um Flüchtlingen und Asylsuchenden zur Seite zu stehen, wird 1984 die erste Rechtsberatungsstelle für Asylsuchende eröffnet. 1985 lanciert die Regionalstelle Basel ein Pionierprojekt: Die «HEKS-Wohnhilfe für Asylsuchende» ermöglicht die dezentrale Unterbringung von Asylsuchenden und deren Wohnbegleitung.

Die Behörden haben einen Pendenzenberg von 32'000 hängigen Asylgesuchen und vollziehen Ausschaffungen auch in Härtefällen. HEKS setzt sich mit Referenden und Mahnwachen gegen die Verschärfung der Asyldebatte, gegen die zunehmend restriktive Anwendung des Asylgesetzes und für eine menschliche Asylpolitik ein. Im Frühling 1985 erscheint das Memorandum der drei Landeskirchen «Auf der Seite der Flüchtlinge», mitverfasst vom HEKS-Flüchtlingsdienst.

Nach Ende des kommunistischen Regimes in Rumänien leitet HEKS 1989 den ersten Hilfstransport der grossen Schweizer Hilfswerke. Bald darauf beginnt HEKS mit einem ländlichen Entwicklungsprogramm. Rumänische Jungbauern absolvieren Praktika in Graubünden und der Aufbau genossenschaftlicher Betriebe, wie Käsereien oder Schreinereien, wird unterstützt. Die damals von HEKS aufgebaute Stiftung LAM zur Förderung von Landwirtschaft und Kleinunternehmen existiert bis heute.

HEKS nimmt beim Wiederaufbau nach den Balkankriegen eine Brückenfunktion wahr und leistet Nothilfe auf allen Seiten. Für Millionen Franken kann HEKS Notgüter nach Bosnien, in Teile von Serbien und Kroatien und später in den Kosovo liefern. Zehntausende Flüchtlinge kommen in die Schweiz – viele werden vom HEKS unterstützt mit Projekten zur Begleitung und Beratung in der Schweiz, sowie zur Vorbereitung ihrer Rückkehr.

Der Kirchenbund erweitert 1991 das HEKS-Inlandmandat mit dem Auftrag «Engagement für sozial Benachteiligte». Das Knowhow, das HEKS in der Betreuung fremdkultureller Menschen erlangt hatte, konnte auf Projekte für sozial benachteiligten SchweizerInnen übertragen werden. 1993 gründet HEKS das Wohnprojekt Birseck für suchtkranke Menschen, später kommen insbesondere Projekte zur Unterstützung Erwerbsloser hinzu.

«HEKS ist überzeugt, dass ohne soziale Agrarreform keine Entwicklung in Frieden möglich sein wird. Die Landfrage steht deshalb im Zentrum aller Programme in Lateinamerika», ist im Jahresbericht 1995 zu lesen. In Brasilien beginnt HEKS unter andrem die Landlosenbewegung MST zu unterstützen. 1997 organisiert HEKS in der Schweiz die Wanderausstellung TERRA mit Bildern des berühmten brasilianischen Fotografen Sebastião Salgado.